Det finnes to typer operasjonsteknikker.

Laparoskopi er en kikkhullsoperasjon hvor kirurgene fører et lite instrument gjennom et hull i navlen. Ofte lages det også små snitt på hver side av magen, for å kunne bruke flere instumenter .

Laparatomi er en åpen operasjon hvor kirurgene lager et snitt fra navlen til skambenet eller et bikini-snitt (på tvers). Dette blir sjeldent utført i dag, men kan være nødvendig i spesielle tilfeller.

Den kirurgiske behandlingen kan være konservativ eller radikal.

Konservativ kirurgi vil redusere smertene og øke graviditetssjansen. Med laparoskopiske teknikker kan man ved hjelp av laser, strøm eller saks fjerne endometrioseflekker, endometriosecyster og sammenvoksninger. Ved store endometriosecyster er man noen ganger nødt til å fjerne en eggstokk, men som oftest fjerner man bare cysten.

Radikal kirurgi utføres på pasienter med sterke symptomer og som ikke har barneønske. Inngrepet innebærer at kirurgen fjerner en eller begge eggstokker og/eller livmoren. Dette vil bidra til å redusere østrogenproduksjonen slik at endometriosen ikke blir stimulert. De fleste pasienter blir smertefrie, eller får betydelig reduserte smerter etter radikal kirurgi.

De fleste pasienter behandles i dag konservativt med laparoskopi (kikkhullsoperasjon).